В 1989 году Аэрофлот стал членом Международной ассоциации воздушного транспорта (первый из российских авиакомпаний). Базируется авиакомпания в аэропорту «Шереметьево» (город Москва). Три российских филиала компании расположены в Санкт-Петербурге, Владивостоке, Калининграде.
Приоритетное значение Аэрофлот придает развитию внутреннего рынка, освоению Сибири и Дальнего Востока. С завидным постоянством Аэрофлот увеличивает и совершенствует свой воздушный парк. Кроме того в 2009 году в Шереметьево был построен современный аэропортовый терминал. Он предназначен для обслуживания рейсов авиакомпании и обслуживания рейсов партнёров по альянсу SkyTeam.

В распоряжении Аэрофлота имеется крупнейший в Восточной Европе Центр управления полётами, а также один из самых молодых, современных и быстроразвивающихся в Европе флотов. Так, на балансе Аэрофлота числится 126 авиалайнеров, основная часть которых приходится на самолеты семейства A321, А320, SSJ-100 и А330. В ближайшее время компания планирует приобрести двадцать два лайнера Airbus A350 и столько же дальнемагистральных самолетов Воеing B787 Drеаmliner.

В своей деятельности особое внимание Аэрофлот уделяет новым информационным технологиям, являющимся мощным средством повышения экономической эффективности и качества обслуживания клиентов. Активно развивает авиакомпания услуги интернет продажи: предоставляется возможность веб-бронирования, самостоятельной регистрации на рейсы, покупки билетов, а также доступа к интернету и сотовой связи на борту самолетов.