«Хабаровские авиалинии» своими рейсами соединяют города Хабаровск, Охотск и Николаевск-на-Амуре, а также осуществляют авиаперелёты в северные районы Дальнего Востока. Ежегодно на бортах авиалайнеров компании перевозится свыше 36 тысяч пассажиров.

В связи с неоднократно возникавшим вопросом объединения перевозчика с авиакомпанией «Восток» руководство «Хабаровских авиалиний» высказывалось категорически против. Предполагалось, что вопрос о появлении нового авиаперевозчика, созданного на базе ГУП «Хабаровские авиалинии» и авиакомпании «Восток» окончательно должен решиться еще в 2009 году, тем не менее, на сегодняшний момент этого не произошло.
Помимо транспортировки грузов и пассажиров «Хабаровские авиалинии» имеет лицензии, предоставляющие право осуществлять техническое обслуживание самолётов Як-40, Ан-2, вертолётов Ми-2 и Ми-8Т. Этими услугами перевозчика с большим успехом пользуются другие дальневосточные авиакомпании.
Туристы, собирающиеся посетить Дальний Восток, должны принять во внимание, что сегодня по Хабаровскому краю можно летать только рейсами авиакомпании «Восток» и «Хабаровских авиалиний».

До 2008 года авиапарк «Хабаровских авиалиний» состоял из трех вертолетов Ми-8, одного Ан-26-100 и трех самолетов Як-40. После этого компания дополнительно взяла в аренду один Ан-26и три Ан-24, принадлежащие «Дальавиа».
На сегодняшний день флот авиаперевозчика состоит из двух вертолётов (Ми-8Т) и семи самолётов (Ан-26-100, Ан-24РТ, Як-40К, Ан-26Б, Ан-24РВ, Як-40).
Для осуществления ряда регулярных рейсов в качестве «подмены» периодически привлекаются воздушные суда авиакомпании «Ангара».