Несмотря на то, что Spanair образовалась в 1986 году, первые, тогда ещё чартерные рейсы состоялись лишь в марте 1988 года. Регулярные рейсы компания начала совершать только с 1994 года. В промежутке между 1997 — 2002 годами авиакомпания активно предлагала межконтинентальные рейсы в США и Южную Америку, однако в 2002 году их пришлось заменить предлагаемыми местами по код-шерингу в других авиакомпаниях. В апреле 2003 года Spanair стала членом авиационного альянса Star Alliance.
С 2008 года компания объявила о переходе на программу радикальной экономии. На тот момент пассажирооборот Spanair составлял 8,9 миллионов пассажиров.
Главным образом, из-за растущих цен на топливо, а также вследствие острой конкуренции Spanair была вынуждена отменить девять направлений в расписании своих маршрутов и сократить более тысячи из 3800 рабочих мест.

В апреле 2009 года группа компаний SAS Grоuр объявила о продаже основной части пакета (80,1%) консорциуму (в состав которого вошли частные инвесторы, региональное правительство Каталонии и города Барселоны) по символической цене в один евро. За собой SAS Group оставила миноритарный пакет (19,9%) и сохранила ответственность по долгам (около 500 миллионов евро). Вместо Барахаса домашним аэропортом Spanair стала Барселона.
В январе 2012 года власти в Испании прекратили финансирование авиакомпании, в связи с чем Spanair завершила свою деятельность.